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Nella Marche sono presenti 29 ZPS e 80 SIC che risultano peraltro spesso ricadenti all’interno delle stesse ZPS. Complessivamente Rete Natura 2000 si estende per 136.900 ha, corrispondenti a oltre il 14 % della superficie regionale. Rete Natura 2000 contribuisce quindi, insieme ai Parchi ed alle Riserve naturali, alla conservazione del patrimonio naturale, unico ed irripetibile, della regione. L'Unione Europea, nell'ambito delle due direttive Habitat e Uccelli ha individuato anche degli elenchi di specie di valore e di interesse a livello comunitario. Fra queste, nelle Marche, è presente anche la trota macrostigma, salmonide inserito nell’Appendice II della Direttiva Habitat 92/43 CE, le cui tematiche di conservazione si intrecciano strettamente con la gestione della risorsa idrica e con la pesca sportiva nelle acque interne.

Nelle aree in cui è stata segnalata la presenza di questa specie, il progetto Life Trota ha svolto le seguenti azioni:
attraverso le azioni preparatorie (A2, A3) è stato realizzato un monitoraggio genetico ed ecologico delle ultime popolazioni dell’Appennino umbro-marchigiano; le azioni concrete di conservazione (C1-C4) sono state finalizzate al rafforzamento di questi nuclei superstiti grazie ad attività di ripopolamento e reintroduzione realizzate con trote prodotte nel Centro ittiogenico di Cantiano a partire da riproduttori selvatici sottoposti a screening genetico. Al fine di garantire la persistenza a lungo termine delle popolazioni reintrodotte, sono state eseguite le analisi delle portate estive dei corsi d’acqua coinvolti nell’azione di reintroduzione in modo da poter elaborare un modello di stima dei deflussi minimi vitali (azione C5). Infine, si è intervenuti nel processo di ridefinizione i) dei piani di gestione dei SIC interessati dalle attività di progetto e ii) della legge Regionale sulla pesca nelle acque interne (azione C6).

Per realizzare tali obiettivi il progetto ha operato all’interno di 14 aree SIC della Rete Natura 2000 della Regione Marche:

 IT5310019 - Monte Catria - Monte Acuto
8,481.00 ettari

L’area è principalmente caratterizzata da un sistema di montagne calcaree e da una formazione di rocce sedimentarie prevalentemente composte da calcite e aragonite, cristalli di carbonato di calcio. La vegetazione è formata da boschi di faggio (Fagus sylvatica), situati alle altitudini maggiori, e da carpino nero (Ostrya carpinifolia).  In quest’area sono presenti alcuni corsi d’acqua, i più importanti dei quali sono: i fiumi Burano nel nord-ovest e Cesano nel sud-est, i ruscelli Gorga nel sud, Formula e Bevano nel sud-ovest e Cinisco e Mandrale nel sud-est.

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Le azioni concrete di conservazione realizzate in quest'area sono state:
Nel bacino idrografico del Metauro -  corso d'acqua Bevano: Azioni C4 (Attività di restocking) e C5 (Analisi delle portate estive)
Nel bacino idrografico del Cesano - corso d'acqua Cesano: Azioni C3 (Rimozione delle popolazioni di trota atlantica), C4 (Attività di restocking) e C5 (Analisi delle portate estive)
Nel bacino idrografico del Esino - corso d'acqua Gorga: Azioni C3 (Rimozione delle popolazioni di trota atlantica), C4 (Attività di restocking) e C5 (Analisi delle portate estive)

IT5310018 - Serre del Burano
3,631.00 ettari

Piccola catena montuosa di arenaria, lunga e stretta, coperta da boschi acidofili. L'unico sito nelle Marche in cui è possibile trovate brughiere ricoperte di Calluna vulgaris (chiamato volgarmente brugo), piccolo arbusto perenne che cresce fino ad un'altezza di 20–50 cm. L’area è attraversata da due fiumi e tre maggiori corsi d'acqua: il fiume Biscubio che attraversa il sito a nord, il torrente Certano che lo attraversa nel mezzo e il fiume Burano che scorre invece a sud. L’impetuoso torrente Furlani è affluente di destra del fiume Certano mentre il torrente Balbano, affluente di sinistra del fiume Burano, è caratterizzato da rilievi boscosi costituiti prevalentemente di roccia arenaria.

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IT5330010 - Piana di Pioraco
570.00 ettari

Quest’area è situata nella valle del fiume Potenza, a monte del comune di Pioraco. Qui in passato si estendeva un vasto lago, bonificato nel sedicesimo secolo. L'area è caratterizzata dalla presenza di vegetazione ripariale e di palude, con una flora poco comune composta da fanerogame e crittogame. La zona è piuttosto fragile dal punto di vista ambientale, a causa della sua posizione in fondo valle e alla presenza di siti civili e industriali.

Tuttavia, un precedente studio idrologico ha indicato che qui il fiume Potenza mostra un flusso stabile, caratteristica importante per creare un habitat adatto per i salmonidi. Oltre alla trota macrostigma, sono presenti altre specie ittiche elencate nell'allegato II della Direttiva Habitat: Lethenteron zanandreai, Cottus gobio e Rutilus rubilio.

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Le azioni concrete di conservazione realizzate in quest'area sono state:
Nel bacino idrografico del Potenza -  corso d'acqua Campodonico: Azione C2 (Produzione di trote geneticamente pure per il ripopolamento)

IT5340019 - Valle dell'Ambro
2,346.00 ettari

Quest’area è una tipica valle di origine calcarea, incastrata tra due montagne: Pizzo Tre Vescovi (2091 m slm) e Monte Priora (2332 m slm). Il fiume Ambro è un affluente del fiume Tenna e nasce da una piccola grotta, unico esempio di risorgenza nei Sibillini situata a 1245 metri d'altitudine. Successivamente la valle si restringe sempre di più, arrivando a scorrere in una gola con pareti molto alte. Parte delle acque del fiume sono utilizzate a scopi idroelettrici. Studi scientifici hanno evidenziato una buona qualità dell’acqua da un punto di vista fisico-chimico e biologico. La fauna ittica è rappresentata esclusivamente dalla trota mediterranea. 

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Le azioni concrete di conservazione realizzate in quest'area sono state:
Nel bacino idrografico del Tenna -  corso d'acqua Ambro : Azione C2 (Produzione di trote geneticamente pure per il ripopolamento)

 IT5330023 - Gola della Valnerina - Monte Fema
3,269.340 ettari

L’interesse generale del sito è dato dall’eccezionale paesaggio di gole rocciose, sui lati delle quali sono presenti numerose specie di piante di grande valore fitogeografico. Per quanto riguarda la fauna ittica, oltre alla trota macrostigma, vi è un’altra presenza di grande importanza, ovvero lo scazzone (Cottus gobio), piccolo pesce di acqua dolce appartenente alla Famiglia Cottidae e considerato anch’esso specie di interesse comunitario (Annex II della Direttiva Habitat).

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Le azioni concrete di conservazione realizzate in quest'area sono state:
Nel bacino idrografico del Nera-  corso d'acqua Torsa: Azione C2 (Produzione di trote geneticamente pure per il ripopolamento)
Nel bacino idrografico del Nera-  corso d'acqua Nera: Azione C2 (Produzione di trote geneticamente pure per il ripopolamento)

 IT5330004 - Monte Bove
2,019.00 ettari

Quest’area, situata nella zona centrale dei Monti Sibillini, è caratterizzata da un altopiano che trova i suoi picchi nelle vette del Monte Bove Nord (2112 m slm), del Monte Bove Sud (2069 m slm) e del Monte Bicco (2052 m slm). Il torrente Ussita, un affluente sinistro del fiume Nera (uno dei più importanti affluenti del fiume Tevere), sorge proprio in questa area. Oggi queste sorgenti sono ampiamente usate per usi domestici e idroelettrici e ciò comporta la presenza di numerose strutture idrauliche nel letto del torrente. Nonostante questo la qualità biologica dell’acqua rimane buona. La fauna ittica è rappresentata prevalentemente dalla trota mediterranea (Salmo macrostigma).

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Le azioni concrete di conservazione realizzate in quest'area sono state:
Nel bacino idrografico del Nera-  corso d'acqua Ussita: Azioni C3 (Rimozione delle popolazioni di trota atlantica), C4 (Attività di restocking) e C5 (Analisi delle portate estive)

IT5330002 - Val di Fibbia - Valle dell'Acquasanta
3,106.00 ettari

L’area è situata a nord-est dei monti Sibillini e include le seguenti montagne: Rotondo (2102 m slm), Pietralata (1848 m slm), Cacamillo (1776 m slm) e Val di Fibbia (1577 m slm ). La circolazione dell’acqua sotterranea e la posizione delle più importanti sorgenti sono condizionate dalla struttura geologica del territorio: gli strati calcarei e calcarei-marnosi formano aree idrologiche complesse. Quest’area contiene  falde acquifere e sorgenti con considerevoli flussi d’acqua, grazie all’alta permeabilità dovuta alle fratture degli strati. La rete idrografica è formata dal fiume Fiastrone e dai suoi due tributari: Fosso dell’Acquasanta e Rio Sacro. Sono presenti numerosi manufatti connessi allo sfruttamento idraulico, tuttavia la qualità biologica dell’acqua permane buona, soprattutto nella parte superiore del bacino imbrifero dove molti invertebrati acquatici, come Plecoptera e Ephemeroptera, sono presenti in abbondanza.  La fauna ittica è rappresentata dallo scazzone (Cottus gobio), piccolo pesce d’acqua dolce, e dalla trota mediterranea (Salmo macrostigma).

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Le azioni concrete di conservazione realizzate in quest'area sono state:
Nel bacino idrografico del Chienti -  corso d'acqua Fiastrone: Azione C2 (Produzione di trote geneticamente pure per il ripopolamento)
Nel bacino idrografico del Chienti -  corso d'acqua Rio Sacro: Azione C2 (Produzione di trote geneticamente pure per il ripopolamento)

IT5330017 - Gola del Fiastrone
2,551.00 ettari

La valle scavata dal fiume Fiastrone è profonda, ombrosa e selvaggia, circondata da pareti calcaree, scoscese e per la maggior parte inaccessibili. Le pareti situate a picco sul fiume sono costellate di grotte. Più in alto la natura ha lasciato affiorare, tra i fitti boschi di lecci, strati di ghiaia rossa che, con l'erosione provocata dalle piogge, formano picchi e pinnacoli. La valle si estende da un’altezza minima di 413 ad un massimo di 1170 metri sopra il livello del mare. Dal punto di vista geomorfologico è interessante notare la presenza di detriti, la forma degli strati, del rilievo carsico e i fenomeni di erosione fluviale. Oltre alla trota mediterranea è presente lo scazzone (Cottus gobio), altra specie citata nella Direttiva Habitat. 

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Le azioni concrete di conservazione realizzate in quest'area sono state:
Nel bacino idrografico del Chienti -  corso d'acqua Fiastrone: Azioni C4 (Attività di restocking) e C5 (Analisi delle portate estive)

IT5340020 - Valle dell'Infernaccio - Monte Sibilla
3,212.00 ettari

Valle posizionata nella parte centrale dei Monti Sibillini, confinata tra le montagne Priora (2333 m slm) e Sibilla (2175 m slm); il fondo della valle è incastrato tra pareti rocciose scoscese. La sorgente del fiume Tenna è situata in quest’area. In questa prima parte il torrente scorre attraverso il substrato calcareo ed è caratterizzato da un’uniformità del flusso, della chimica e della temperatura, indicando la presenza di una profonda circolazione dell’acqua  che scorre attraverso zone di frattura.

Queste sorgenti sono utilizzate per uso domestico. Studi precedenti hanno rilevato una buona qualità dell’acqua da un punto di vista fisico-chimico e biologico. La fauna ittica è rappresentata esclusivamente dalla trota mediterranea (Salmo macrostigma). 

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Le azioni concrete di conservazione realizzate in quest'area sono state:
Nel bacino idrografico del Tenna -  corso d'acqua Tenna: Azioni C3 (Rimozione delle popolazioni di trota atlantica), C4 (Attività di restocking) e C5 (Analisi delle portate estive)

IT5310017 - Monte Nerone - Gola di Gorgo a Cerbara
8,102.00 ettari

L’area è caratterizzata da un sistema di montagne calcaree. La vegetazione è prevalentemente composta da boschi di faggio (Fagus sylvatica) e di carpino nero (Ostrya carpinifolia), albero della famiglia delle Betulaceae, da distese erbose a dominanza di specie mesofile (vegetali che hanno un fabbisogno idrico medio), e piante xerofile (vegetali adattati a vivere in ambienti con scarsità d’acqua).

L’area è attraversata da tre fiumi: Biscubio, Candigliano e Bosso, mentre i quattro ruscelli maggiori sono: Abisso, Eremo, Presale e Vitoschio.

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IT5330018 - Gola di Pioraco
735.00 ettari

L’area è un tipico canyon dell’Appenino scavato nelle rocce calcaree dal fiume Scarzito (un affluente di destra del fiume Potenza). La vegetazione è formata da querce, terebinti (specie facenti parte del genere Pistacia),  Fillirea (arbusto e piccolo albero sempreverde della famiglia delle Oleaceegenere Phillyrea) e altre specie termofile. Una potenziale minaccia per l’ambiente acquatico è rappresentata dalla strada principale che corre lungo il fiume e dal fatto che questa sia un’area di alto interesse turistico.

L’idrologia dell’area è quella tipica delle zone ricche di rocce calcaree, caratterizzata dall’apporto della falda acquifera che determina un flusso stabile del fiume. Oltre alla trota mediterranea sono presenti altre specie di pesci citate nella Direttiva Habitat: la lampreda padana (Lethenteron zanandreai), lo scazzone (Cottus gobio) e la rovella (Rutilus rubilio).

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IT5330009 - Monte Giuoco del Pallone - Monte Cafaggio
3,036.00 ettari

Gruppo di montagne calcaree con picchi arrotondati e debole pendenza, i rilievi presenti sono: Monte Giuoco del Pallone (1227 m slm) e Monte Cafaggio (1116 m slm). La sorgente del fiume Esino è situata in quest’area a 660 m slm. Studi ecologici effettuati in quest’area hanno evidenziato che il flusso basale è stabile. Un quarto di questo flusso d’acqua è destinato per usi civili. Lo stato di conservazione generale dell’area è buono e la fauna ittica è rappresentata prevalentemente dalla trota mediterranea.

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IT5330008 - Valle Rapegna e Monte Cardosa
2,240.00 ettari

In quest’area la catena montuosa dei Monti Sibillini culmina con il monte Cardosa (1618 m slm) ed è composta principalmente da rocce calcaree.  La rete idrografica è formata dai ruscelli Valle Rapegna e Visso, due affluenti di sinistra del fiume Nera. La fauna ittica è rappresentata prevalentemente dalla trota mediterranea.

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Le azioni concrete di conservazione realizzate in quest'area sono state:
Nel bacino idrografico del Nera -  corso d'acqua Rapegna: Azioni C4 (Attività di restocking) e C5 (Analisi delle portate estive)
Nel bacino idrografico del Nera -  corso d'acqua Nera: Azione C2 (Produzione di trote geneticamente pure per il ripopolamento)

IT5330020 - Monte Pennino - Scurosa
2,595.00 ettari

Area appenninica che raggiunge la sua massima quota con il Monte Pennino (1571 m slm), dal quale parte una profonda valle che si espande in diverse direzioni. Il fiume Potenza nasce proprio tra queste montagne. Il substrato geologico è formato in prevalenza da rocce calcaree ed è caratterizzato da numerose sorgenti. Quest’area presenta un certo grado di antropizzazione dovuto alla presenza di pascoli, di strade secondarie e boschi cedui (boschi che si tagliano periodicamente lasciando i ceppi dai quali si formano nuovi germogli). Tuttavia lo stato di conservazione può essere migliorato. La fauna ittica è rappresentata prevalentemente dalla trota mediterranea. Le analisi genetiche condotte dall'Università Politecnica delle Marche su un campione di trote del torrente Scarzito hanno messo in evidenza valori medio - bassi d'introgressione col genoma atlantico di trota di origine domestica.

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